O curso de especialização Pós-graduado (Mestrado) em Ecologia Aplicada tem a duração de 4 semestres curriculares correspondentes a 120 créditos, é ministrado pela FCN e foi aprovado em conselho Universitário de 4 de Maio de 2013. O mestrado começou recentemente a sua 4 edição.

O mestrado conta com o apoio da Universidade Aveiro e o seu corpo docente é constituído maioritariamente por docentes e investigadores ligados a Aveiro.